Les coefficients de consanguinité partiels, Fij, mesurent la probabilité que les allèles d’un locus dans un individu i soient identiques par descendance et que les allèles soient dérivés d’une allèle du fondateur j. Les coefficients de consanguinité partiels des ancêtres d’un individu peuvent être vus comme leur "contribution" au COI de celui, c.à.d. la somme de tous les COIs de tous les ancêtres dans un pédigrée complet doivent être égales au COI de l’individu.
Les ancêtres qui contribuent le plus au COI d’un individu ne sont pas forcement ceux avec le coefficient de consanguité le plus élévé. Etant de parenté plus proche (grand-parents, arrière-grand-parents) le coefficient faible de cet animal pourrait compter plus que le coefficient élevé d’un animal de parenté eloigné. L’animal choisi pour l’analyse de pédigrée aura plus de similarité avec les ancêtres qui ont le coefficient de consanguinité le plus elevé.
Notez: Le calcul de COI partiel est disponible jusqu’à la 5ème génération uniquement, les exigences informatiques étant trop importants pour des pédigrées plus larges.